El proyecto arquitectónico es obra del reconocido arquitecto mexicano, Alejandro D’Acosta, que con su arquitectura de vanguardia hace del MUNBA un recinto único que rompe los límites tradicionales del arte y la exposición. El uso de materiales reciclados, como lo es la firma del autor, promueve una cultura de la sustentabilidad. En este caso en particular, es el uso de contenedores marítimos, los cuales se incrustan a la edificación con formas caprichosas y creando espacios fascinantes para la contemplación que invitan a la reflexión sobre las bondades de nuestros mares mexicanos y los gigantes que surcan sus aguas.
El peculiar patrón geométrico en blanco y negro utilizado en el edificio, esta inspirado en el camuflaje disruptivo o deslumbrante conocido en ingles como “Dazzle”, fue un camuflaje en barcos que se usó en la Primera Guerra Mundial y que consiste en complejos patrones de formas geométricas con la intención de confundir al enemigo sobre el rumbo de un barco.
[El edificio mantiene un diálogo con el paisaje del puerto de Mazatlán donde a diario desfilan las amenazas más importantes de las ballenas como las redes de pesca o el trafico marino, transformando los contenedores en albergue, dándole vida y un hogar simbólico a las ballenas.