Le projet architectural est l'œuvre du célèbre architecte mexicain Alejandro D'Acosta, dont l'architecture avant-gardiste fait de MUNBA un lieu unique qui brise les frontières traditionnelles de l'art et de l'exposition. L'utilisation de matériaux recyclés, qui est la signature de l'auteur, favorise une culture de la durabilité. Dans ce cas particulier, il s'agit de conteneurs maritimes, qui sont intégrés au bâtiment avec des formes fantaisistes et créent des espaces de contemplation fascinants qui invitent à réfléchir à la bonté de nos mers mexicaines et aux géants qui naviguent dans ses eaux.
L'étrange motif géométrique noir et blanc utilisé dans le bâtiment s'inspire du camouflage perturbateur ou éblouissant connu sous le nom de "Dazzle", un camouflage de navire utilisé pendant la Première Guerre mondiale consistant en des motifs complexes de formes géométriques destinés à confondre l'ennemi sur la trajectoire d'un navire.
[Le bâtiment entretient un dialogue avec le paysage du port de Mazatlán, où les menaces les plus importantes pour les baleines, telles que les filets de pêche ou le trafic maritime, défilent quotidiennement, transformant les conteneurs en un abri, donnant vie et un foyer symbolique aux baleines.
